I år 635 overtog muslimerne kontrollen over Damaskus. I centrum af byen var hovedkirken, som var helliget Johannes Døberen, opført af Theodosius (379) på et gammelt tempels grund i en stor gård. I den første tid efter indtagelsen af byen, lod man de kristne beholde den ene halvdel af kirken til de kristnes gøremål, mens muslimerne benyttede den anden halvdel; et vidnesbyrd om det fredelige forhold, der i den ældre tid kunne tænkes mellem de to religioner.

Først 70 år senere indledte Umayyade-khaliffen al-Walid I en forhandling med den kristne menighed om mulighederne for at overtage hele kirken, da Umayyade-dynastiet ønskede at bygge en stor moské i deres hovedstad, hvis lige ingen hidtil havde set mage til. Intet var for kostbart, når det gjaldt dens udsmykning. Græske håndværkere blev hentet til byen, da de på det tidspunkt skulle være verdens bedste til marmorarbejde. 1200 kunstnere blev hentet for at tage sig af de gyldne mosaikker. Søjler blev bl.a. slæbt fra hedenske ruiner i hele Lilleasien og rammen om bedenicherne blev slyngede vinranker af det pure guld, indlagt med ædle stene og oplyst af det flakkende skær fra 600 olielamper. Men tiderne ændrede sig og fra sletterne kom mongolerne og plyndrede den rige by og dens moské som korsfarerne, uden held, angreb adskillige gange. De tændte bål på gulvet af den store moské for at stege deres fårekøller. Alt af værdi blev enten brændt eller slæbt bort, da de forlod Damaskus. I dag er Umayyade-moskéens største skat en samling på 3000 orientalske tæpper, der dækker gulvet. Efter en brand i 1893 blev det meste af moskéen genopbygget i den oprindelige skikkelse.